Coronavirus og epidemimodeller 2020-2021 (COVID-19)


Beregninger på PCR-test og kvik-test (Bayes formel)

PCR er en forkortelse for "Polymerase Chain Reaction".
Kvik-testen kaldes også hurtig-test, og er en antigen-test.

Betingede sandsynligheder!
"Sensitivitet" = sandsynligheden for at testen viser positiv, hvis personen er smittet.
"Specificitet" = sandsynligheden for at testen viser negativ, hvis personen ikke er smittet.
"Prævalensen" = andelen af befolkningen, som er smittede.

PCR-test har en sensitivitet på ca. 99% og en specificitet på 99.9%. Brugeren får svar efter 1 døgn.
Kvik-test antages at have en sensitivitet på 60% og en specificitet på 99%. Brugeren får svar efter 1 kvarter.

Påvisning af coronavirus i en PCR-test er påvirket af hvor grundig testen udføres!
Hvis man er for grundig, vil man få langt flere positive svar - selv om personen er over covid-19 sygdommen!
Se WHO's nyhedsartikel: https://www.who.int/news/item/14-12-2020-who-information-notice-for-ivd-users

Spørgsmål:
1) hvis testen er positiv, hvad er så sandsynligheden for at personen har corona? (kaldet "positiv prædikativ værdi" eller PPV)
2) hvis testen er negativ, hvad er så sandsynligheden for at personen ikke har corona? (kaldet "negativ prædikativ værdi" eller NPV)

Konklusion:
Hvis man får en negativ test, så er det næsten sikkert, at man ikke har corona. Det gælder for både PCR-test og kvik-test.
Hvis man får en positiv PCR-test, så er det næsten sikkert, at man har corona.
Hvis man får en positiv kvik-test, så bør man straks tage en PCR-test.
Kvik-testen kan altså anvendes til at finde de få personer, som skal testes yderligere med PCR-testen!

Inspiration er fundet i en god video om emnet (Claus Ekstrøm, KU Biostat): https://www.youtube.com/watch?v=1wrSsQtGfio

Beregninger i Maple (Steen): tests.mw eller tests.pdf

Plots af grafer i Maple (Steen): plots.mw eller plots.pdf

Interaktiv beregner af PPV og NPV for corona-tests (Steen): tests.htm

Regnestykkerne kan udføres interaktivt: https://neurotroph.shinyapps.io/Sensitivity-Specificity/